Союз писателей Москвы как независимая и самостоятельная организация был создан в августе-сентябре 1991 года. Причиной для экстренного создания нового писательского союза послужило несогласие демократически настроенных писателей с одобрительной реакцией тогдашнего руководства Союзов Писателей СССР и РСФСР на "путч" ГКЧП. Устав региональной общественной организации "Союз писателей Москвы" был принят на Учредительной Конференции, состоявшейся 6 сентября 1991 года (Свидетельство о регистрации №440 от 11 октября 1991 года).
Cопредседателями СПМ были избраны Юрий Черниченко и Юрий Нагибин. Сейчас сопредседатели Союза - Юрий Черниченко и Сергей Филатов.
Первым секретарем СПМ первоначально был избран Владимир Савельев. После его смерти в 1998 году Секретариат возглавил Юрий Суровцев, которого в 1999 сменила руководитель Секретариата СПМ Римма Казакова.
5 июня 2008 года на внеочередном собрании Союза писателей Москвы Первым секретарем Союза писателей Москвы избран Евгений Сидоров.
На данный момент в Союзе писателей Москвы состоят более 2000 членов.